L’homme s’est installé dans la vaste plaine comprise entre Saône et Doubs dès les périodes préhistoriques, comme en témoignent les vestiges archéologiques de la région,étalés dans le temps depuis des périodes reculées jusqu’à nos jours.
Saint-Aubin connaît une importance certaine au XIVème siècle, mais son implantation initiale est antérieure. On peut penser que la commune existait déjà durant l’antiquité gallo-romaine. De nombreuses villas de cette époque ont été recensées dans les environs par les services du Ministère de la Culture.
Il semblerait que Saint-Aubin ait appartenu aux Rois bourguignons dès le Vème siècle, et que par la suite le territoire ait été géré par des seigneurs locaux au cours du Moyen- Age.
Au cours des XIVème siècles, Saint-Aubin s’entoure d’édifices défensifs (palissades, pont levis…); ses rues sont pavées, témoignant de l’importance du bourg à cette époque. Le village comptait 520 maisons pour près de 3000 habitants. Les écrits relatent également la présence d’un château, pris d’assaut en 1364 par Philippe le Hardy, Duc de bourgogne.
L’église fut entièrement reconstruite en 1832.
Au cours du XIXème siècle, la chronique relate déjà l’établissement d’un réseau de fossés de drainage ayant permis l’assèchement de zones humides et la mise en place de cultures céréalières d’un bon rendement.